Ayrıca, canlı hayvan ve hayvansal ürünlerin transit işlemleri de yine sınır kapılarında yer alan Bakanlık bünyesindeki Veteriner Sınır Kontrol Noktası (VSKN) Müdürlüklerinde gerçekleştirilecek kontroller çerçevesinde yürütülmektedir. Ülkemizden transit geçiş yapılması istenen eşya ile ilgili olarak ilgili VSKN Müdürlüğü’ne resmi olarak ön bildirim yapılması zorunludur.

Kullanıma başlanan sistemde ithalat işlemleri için sistem kullanıcı kaydı gerekmekte olup transit işlemleri için sisteme herhangi bir kullanıcı kaydı gerekmemektedir. Türkiye Cumhuriyeti vatandaşı sorumlu kişiler TC kimlik numarası ile, diğer ülke vatandaşları ise pasaport numaraları ile sisteme giriş yaparak bu başvuruyu gerçekleştirebilmektedir.

Ancak, başvuru sonrası Türkiye gümrüğüne gelerek transit geçecek eşya ile ilgili tüm dokümanlar yetkili personelin işlemlere başlamasından önce VSKN Müdürlüğüne elden teslim edilecektir.

Sistemde doldurulması gereken form Türkçe/İngilizce olarak düzenlenmiştir. Sisteme giriş ve ilgili dokümanın doldurulmasını hem Türkçe hem İngilizce ayrıntılı olarak açıklayan video kayıtlarına Bakanlığa ait web ana sayfasında (https://www.tarimorman.gov.tr/) duyurular bölümünden ve Genel Müdürlük ana sayfasında (https://www.tarimorman.gov.tr/GKGM) duyurular bölümünden ulaşılabileceği gibi İngilizce web sayfaları  https://www.tarimorman.gov.tr/Sayfalar/EN/AnaSayfa.aspx ve  https://www.tarimorman.gov.tr/GKGM/Sayfalar/EN/AnaSayfa.aspx adreslerinde yer alan duyurular bölümünden ulaşılabilmektedir.

Firma ve sürücülerin zorluk yaşamamaları adına ilgili VSKN Müdürlüğü personelinin kendilerine yardımcı olacağı belirtilmektedir.